No conozco otro mod que quite la silueta del submarino, que no sea el Real Navigation.
¿Probaste de utilizar el Generic Patcher para cambiar los colores de las herramientas del mapa? El gris que viene por defecto, suele enmascararse muy fácil con la silueta del sub, o en partes oscuras del mapa.
Pero si se cambian por colores más vivos, se pueden ver fácilmente por encima de todo:
